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膜蛋白–脂质双层动力学与结合稳定性复核
图摘要
摘要
在混合脂质双层与显式水环境中重建膜蛋白—配体体系，结合轨迹诊断、界面接触和相对能量趋势评估工作构象。图摘要汇集膜环境中的构象、轨迹与界面接触，直观呈现复合物的主要动态状态。这些结果为膜体系的构象比较和后续结构研究形成明确线索。
计算结果
计算结果
Figure 1. 蛋白–小分子复合物的分子对接与分子动力学模拟分析。 (A) 小分子在蛋白结合口袋中的整体结合构象,右侧为结合位点的局部放大图,显示关键残基与配体之间的相互作用模式,绿色虚线表示氢键作用,灰色氢键表示疏水作用,橘色虚线表示pi-pi作用; (B) 配体与关键氨基酸残基之间的二维相互作用示意图; (C) 蛋白、配体及复合物在 100 ns 分子动力学模拟过程中的 RMSD 变化; (D) 蛋白主链残基的 RMSF 分布; (E) 复合物在模拟过程中的回转半径(Rg)变化; (F) 复合物的溶剂可及表面积(SASA)随时间的变化; (G) 配体质心与蛋白质质心之间距离的变化; (H) 模拟过程中蛋白–配体之间氢键数目的变化; (I) 关键氨基酸残基对结合自由能的能量贡献分析; (J) 基于 RMSD 和 Rg 构建的三维自由能景观(FEL); (K) 自由能景观的二维投影图; (L) 蛋白表面的静电势分布图; (M) 分子动力学模拟 0 ns、50 ns 和 100 ns 时刻的复合物构象叠合图。
该图呈现“计算结果”中的主要结构与趋势，并与本案例的候选排序和结果判断形成对应。
MM-GBSA结果
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| System name | 靶标 A_候选化合物 A |
|---|---|
| ΔEvdw | -54.16±1.96 |
| ΔEelec | -86.60±6.03 |
| ΔGGB | 93.96±1.69 |
| ΔGSA | -8.01±0.07 |
| ΔGbind | -54.82±5.05 |
该表汇总“MM-GBSA结果”中的关键比较信息，使不同条件与候选之间的结果差异能够直接对应。
HS-CASE-0015
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