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对接与靶标互作小分子对接
小分子-蛋白对接
围绕蛋白口袋、配体微观状态和构象采样，评估小分子的可能结合姿势与关键相互作用。
受体集合与配体微观状态准备位点约束对接与构象采样重打分、姿势聚类与相互作用复核
对接与靶标互作大分子与复杂对象对接
多肽-蛋白对接
以多肽构象集合、受体界面和可用约束为输入，探索高柔性多肽的可能结合模式。
多肽构象与环化/修饰状态建模柔性对接与实验约束整合界面精修、热点和构象簇分析
对接与靶标互作大分子与复杂对象对接
蛋白-蛋白对接
结合整体或局部搜索、构象集合与界面证据，提出蛋白复合物的可检验装配假设。
全局/局部刚体与集合对接交联、突变和共进化约束整合界面精修、聚类与能量分解
对接与靶标互作大分子与复杂对象对接
抗原-抗体对接
围绕抗体 CDR 构象、抗原表位和实验线索，构建候选抗原-抗体识别模式。
抗体编号、CDR 与结构质量评估表位引导的集合对接界面精修、旁位/表位和可开发性复核
对接与靶标互作大分子与复杂对象对接
核酸-蛋白对接
显式考虑 DNA/RNA 构象、电荷和已知识别位点，探索核酸与蛋白的候选复合物界面。
核酸构象、离子化与结构质量评估约束引导的集合对接界面精修和碱基/残基接触分析
对接与靶标互作界面与相互作用分析
金属-蛋白对接
结合金属价态、配位几何、蛋白质子化和位点证据，评估候选金属结合模式。
金属价态、配位原子与质子化建模配位约束的位点搜索与对接几何复核及 QM/MM 或参数敏感性评估
对接与靶标互作小分子对接
全柔性对接
同时扩展配体和受体侧链/骨架采样，用于可能存在诱导契合或多构象识别的体系。
受体构象集合与柔性区域定义配体-受体协同构象采样诱导契合精修与重复运行比较
对接与靶标互作小分子对接
共价对接
围绕反应基团、蛋白亲核残基和非共价预结合构象，构建反应感知的共价复合物假设。
亲核残基、质子化与反应基团定义非共价预对接与共价构型生成反应几何、姿势和脱靶风险复核
对接与靶标互作小分子对接
反向靶点筛选
从匿名小分子出发，组合口袋表示检索、结构准备、批量对接与功能证据，缩小潜在靶点验证空间。
蛋白口袋与配体表示检索结构准备、批量对接与分布复核跨层证据交集与功能富集
对接与靶标互作界面与相互作用分析
分子对接与 SAR 解释
把同系化合物的活性变化与候选结合姿势、取代基方向和局部环境对照，形成可检验的构效解释。
系列一致化准备约束对接与姿势对齐活性悬崖和相互作用指纹分析
对接与靶标互作界面与相互作用分析
残基相互作用与热点分析
综合界面几何、接触占有率、能量分解与保守性信息，定位可能影响结合或识别的关键区域。
界面接触和埋藏面积计算丙氨酸扫描或能量分解保守性与轨迹占有率交叉复核
对接与靶标互作界面与相互作用分析
AlphaFold 模型对接适用性评估
检查预测结构的局部置信度、口袋几何、构象状态和模板支持，判断哪些区域可用于后续对接。
置信度与误差图检查口袋和关键残基几何复核模板、构象状态与精修需求判断
对接与靶标互作大分子与复杂对象对接
小分子–DNA/RNA 对接
显式考虑核酸构象、电荷、沟槽和碱基堆积，探索小分子与 DNA 或 RNA 的候选识别模式。
核酸构象和离子环境准备位点或盲对接堆积、氢键和静电相互作用复核
对接与靶标互作大分子与复杂对象对接
糖类–蛋白对接
考虑糖环构象、糖苷键自由度和羟基网络，比较寡糖、糖链或糖模拟物的候选结合模式。
糖环和连接键构象准备集合对接与构象聚类氢键、水网络和芳香堆积分析
对接与靶标互作界面与相互作用分析
酶–小分子互作建模
围绕催化构象、底物通道、辅因子和质子化状态，比较底物、抑制剂或调节剂的候选识别方式。
催化状态与辅因子准备底物/抑制剂对接通道、催化几何与关键残基分析
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