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蛋白–小分子综合动力学深度复核
图摘要
摘要
轨迹稳定性、接触持续性与构象叠合共同呈现蛋白—配体复合物在显式溶剂中的主要动态特征。图摘要集中展示代表构象、关键接触与组间比较，使不同互作模式的特征能够快速对应。多维结果共同形成构象优先级与可继续研究的相互作用线索。
计算结果
计算结果
Figure 1. 蛋白–小分子复合物的分子对接与分子动力学模拟分析。 (A) 小分子在蛋白结合口袋中的整体结合构象,右侧为结合位点的局部放大图,显示关键残基与配体之间的相互作用模式,绿色虚线表示氢键作用,灰色氢键表示疏水作用,橘色虚线表示pi-pi作用; (B) 配体与关键氨基酸残基之间的二维相互作用示意图; (C) 蛋白、配体及复合物在 100 ns 分子动力学模拟过程中的 RMSD 变化; (D) 蛋白主链残基的 RMSF 分布; (E) 复合物在模拟过程中的回转半径(Rg)变化; (F) 复合物的溶剂可及表面积(SASA)随时间的变化; (G) 配体质心与蛋白质质心之间距离的变化; (H) 模拟过程中蛋白–配体之间氢键数目的变化; (I) 关键氨基酸残基对结合自由能的能量贡献分析; (J) 基于 RMSD 和 Rg 构建的三维自由能景观(FEL); (K) 自由能景观的二维投影图; (L) 蛋白表面的静电势分布图; (M) 分子动力学模拟 0 ns、50 ns 和 100 ns 时刻的复合物构象叠合图。
该图呈现“计算结果”中的主要结构与趋势，并与本案例的候选排序和结果判断形成对应。
HS-CASE-0031
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