三元自组装的 MD、MM/GBSA 与 PCA 机制复核
图摘要
摘要
以显式水动力学、团簇、RDF、接触、SASA、PCA/FEL 和条件化 MM/GBSA 评估三组分的共聚集趋势和构象模态。图摘要串联聚集快照、结构指标与构象分布，呈现组装过程中的主要状态演化。多项结果共同形成对聚集路径、关键接触和代表构象的直观认识。
计算结果
计算结果
图 1. 候选化合物 H(候选化合物 A,绿色)、候选化合物 I(EB,橙色)与候选化合物 C(候选化合物 B,品红色)在水溶液中的三元混合物体系于分子动力学模拟过程中不同时间点的构象分布图,分别展示了 0 ns、10 ns、30 ns、50 ns、80 ns 和 100 ns 时刻体系的整体构象(为清晰起见已隐去水分子与离子)。底部为 100 ns 时刻的构象局部放大图,其中黄色虚线表示氢键作用,青色虚线表示 π-π 堆积作用。
该图呈现“计算结果”中的主要结构与趋势，并与本案例的候选排序和结果判断形成对应。
图 2. 候选化合物 H、候选化合物 I与候选化合物 C三元体系在 100 ns 分子动力学模拟过程中的结构与相互作用分析结果。(A)体系整体 RMSD 随时间变化;(B)体系回旋半径(Rg)随时间变化;(C)溶质芳香环质心间的径向分布函数 g(r)(仅统计分子间配对);(D)体系中分子间氢键(HBonds)与 π-π 作用数量随时间的变化;(E)溶质间短程范德华(van der Waals, SR)与静电(Coulomb, SR)相互作用能随时间的变化;(F)体系溶剂可及表面积(SASA)随时间变化。
该图呈现“计算结果”中的主要结构与趋势，并与本案例的候选排序和结果判断形成对应。
图 3. 三元体系中各组分之间的选择性分析。(A)六种分子对(候选化合物 A-候选化合物 A、EB-EB、候选化合物 B-候选化合物 B、候选化合物 A-EB、候选化合物 A-候选化合物 B、EB-候选化合物 B)芳香环质心间的径向分布函数;(B)各类分子对之间的分子间重原子接触数(< 4.5 Å)随时间的变化;(C)平衡阶段归一化到"每一对分子"的平均接触数,用于消除各组分分子数不同带来的影响。
该图呈现“计算结果”中的主要结构与趋势，并与本案例的候选排序和结果判断形成对应。
表格较宽时可横向滚动查看
| 计算 | ΔG | ΔEvdW | ΔEele | ΔGGB | ΔGsurf |
|---|---|---|---|---|---|
| 候选化合物 A vs EB+候选化合物 B | -226.48 ± 1.32 | -462.5 ± 1.5 | -171.5 ± 1.9 | 475.3 ± 2.1 | -67.8 ± 0.2 |
| EB vs 候选化合物 A+候选化合物 B | -402.83 ± 2.36 | -729.0 ± 3.2 | -229.4 ± 2.1 | 647.6 ± 2.9 | -92.1 ± 0.3 |
| 候选化合物 B vs 候选化合物 A+EB | -313.85 ± 1.90 | -506.9 ± 2.5 | -107.3 ± 1.1 | 357.1 ± 1.9 | -56.7 ± 0.2 |
该表汇总“计算结果”中的关键比较信息，使不同条件与候选之间的结果差异能够直接对应。
完整版案例 PDF
完整结果、高清图表与分析说明仅在客户版 PDF 中提供。添加客服微信并发送案例编号 HS-CASE-0019 获取。